把模拟的原始输出，直接变成能进论文的图

均方根偏差随时间变化, 检验体系模拟稳定性, 支持多文件一图多线对比

均方根涨落, 反映每残基柔性, 按链自动分段着色

回转半径随时间演化, 反映体系整体紧凑程度, 自动绘制 Rg 与各向异性分量

氢键数量随时间变化, 评估界面相互作用强度

溶剂可及面积随时间变化, 分析结合引起的表面暴露变化

自由能景观, 3D 表面附 XY 底面 2D 投影, 三种图像类型可选: 3D 交互 (拖拽旋转/滚轮缩放/导出跟随视角) / 3D 静态 (默认完整构图固定视角) / 2D 填充等值线 (平面坐标轴清晰), elev/azim/色板可调

MM-PBSA 结合自由能各分量柱状图, 解析 ΔVDWAALS/ΔEEL/ΔEGB 等分量

二级结构时间演化热图, 4 种经典配色方案

接触频率矩阵热图 (残基×残基), 红色渐变 + 百分比 colorbar

残基能量分解柱状图, 按 gmx_MMPBSA TDC 全量帧表逐残基平均, 按链着色

复合物/蛋白/配体三方 RMSD 多线对比 (拖入多个 xvg 一图三线)

均方根涨落, 识别配体结合口袋周围的刚性化区域

回转半径随时间演化, 评估结合对蛋白整体构象的影响

蛋白-配体间氢键数量随时间变化

溶剂可及面积随时间变化, 评估口袋开合行为

自由能景观, 3D 表面附 XY 底面 2D 投影, 三种图像类型可选: 3D 交互 (拖拽旋转/滚轮缩放/导出跟随视角) / 3D 静态 (默认完整构图固定视角) / 2D 填充等值线 (平面坐标轴清晰), elev/azim/色板可调

MM-PBSA 结合自由能各分量柱状图

二级结构时间演化热图, 评估配体结合对折叠的影响

配体周围残基接触频率柱状图 (Contact Ratio %)

势能/动能/总能量等热力学量随时间监测, 评估模拟平衡与守恒 (gmx energy)

关键原子/基团间距随时间演化, 监测氢键距离、口袋开合与结合稳定性 (gmx distance / mindist)

键角与二面角随时间监测, 观察局部构象翻转与转角异构化 (gmx angle)

均方位移曲线 + Einstein 线性拟合自动计算扩散系数 D (6D 关系), MDAnalysis EinsteinMSD 同款

密度分布曲线: 体系沿轴向剖面或随时间演化, 支持多组分 (POPC/水/蛋白) 叠加 (gmx density)

主成分分析: 自动识别投影模式(时间×PC)与特征值模式(scree 瀑布图+累积方差), MDAnalysis PCA 同款

φ/ψ 二面角构象散点图, 叠加经典允许/优先区域背景, 识别构象簇与异常残基 (gmx rama)

构象聚类大小分布柱状图, 揭示主导构象态与采样充分性 (gmx cluster)

帧×帧 RMSD 矩阵热图, 揭示构象态跳转与采样独立性, 支持 CSV/三角表/GROMACS 原生 XPM

膜脂酸链有序参数 S_cd 随碳位分布, 评估膜流动性与小分子插入影响 (gmx order)

丙氨酸扫描突变 ΔΔG 发散柱状图, 定位热点残基 (gmx_MMPBSA alanine scanning 同款)