蛋白-蛋白 RMSF 绘图工具
蛋白-蛋白 RMSF 绘图工具rmsf · Protein–Protein
概述
RMSF（Root-Mean-Square Fluctuation，均方根涨落）衡量每个残基在模拟时间内偏离其平均位置的涨落幅度，直观反映残基柔性谱。与 RMSD 的全局视角不同，RMSF 把稳定性信息精确到每一个残基：柔性环（loop）出现尖峰，β-折叠与螺旋核心贴近基线，蛋白-蛋白界面残基因相互作用受限而显著压低。
本工具解析 GROMACS gmx rmsf -res 输出，并针对多链复合物做了专门的断链处理：当残基编号在链交界处回落重启（如链 A 结束于 348、链 B 从 2 重新编号）时自动分段，避免画出横穿全图的伪连线。每条链独立配色并在图例标注 Chain 1 / Chain 2 / Chain 3，多个 .xvg 亦支持叠画对比。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx rmsf -res 输出，两列：残基编号 + RMSF (nm) |
| 多链文件 | 残基编号回落（链重启）自动识别分段，无需手工拆分 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
读图时先看基线：紧密折叠的稳定核心残基 RMSF 通常低于 0.1 nm；无规卷曲与长环区域常见 0.2–0.5 nm 尖峰。对比自由蛋白与复合物两条 RMSF 曲线，界面及口袋周边残基在结合后涨落显著下降（刚性化），是验证结合模式合理性的常用证据。
若个别残基出现异常高峰，先检查该处是否位于膜、配体或界面接触被移除的选择组里，再考虑是否发生了局部去折叠。发表时常将 RMSF 与晶体结构 B-factor 定性对照：两者在核心区趋势一致、在长环处因实验条件不同允许偏差。
使用步骤
- 运行
gmx rmsf -res（对每条链或整体）得到 .xvg。 - 拖入文件，多链自动分段；或载入内置 pp_rmsf 三链示例体验。
- 调整线宽、配色、图例位置；图例自动按链命名。
- 导出 600 dpi PNG 或矢量 PDF 插图。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
为什么我的 RMSF 图里残基编号会从大数跳回小数？
这是多链复合物的正常现象：GROMACS 按链输出时，每条链的残基编号独立起算，链 B 会从小编号重新开始。本工具在编号回落处自动断开线段并换色标注为下一条链，不会产生错误连线。
RMSF 应该用全体原子还是骨架原子计算？
常用 Cα 或骨架原子计算 RMSF，反映主链柔性且与 B-factor 可比；侧链原子的 RMSF 数值更大，用于专门分析侧链构象熵。保持与对比对象（文献或另一体系）口径一致最重要。
界面残基 RMSF 下降多少能说明结合稳定？
没有绝对阈值，常见报道为界面残基结合后 RMSF 下降 20%–50%。更稳妥的做法是把界面残基与远离界面的对照残基放在一起比较，观察相对变化而非单点数值。
