蛋白-蛋白 Rg（回转半径）绘图工具
蛋白-蛋白 Rg（回转半径）绘图工具rg · Protein–Protein
概述
回转半径 Rg（radius of gyration）是体系整体尺寸的度量：Rg = sqrt(1/N · Σ|ri − rcom|²)，即所有选定原子相对质心距离的均方根。Rg 随时间下降说明复合物在收缩变紧凑，上升则提示伸展或局部解折叠；蛋白-蛋白结合过程常伴随 Rg 的明显压缩，是表征结合诱导构象变化的核心指标。
GROMACS gmx gyrate 同时输出 Rg 总量与 x/y/z 三个主轴分量（a、b、c）以及各向异性。本工具将多数据集 .xvg 全部解析：Rg 主曲线之外，各向异性分量曲线可用于判断复合物是各向同性涨落还是沿某一主轴显著变形——这对理解界面结合的几何模式很有帮助。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx gyrate 输出，多数据集：Rg + a/b/c 分量 |
| 多文件叠画 | 拖入多个 .xvg 或 .zip，每文件一组曲线 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
稳定的球状蛋白-蛋白复合物 Rg 曲线应与 RMSD 一样进入平台，涨落幅度通常在 0.02–0.05 nm。Rg 平台值与晶体结构估算值（或 SAXS 实测 Rg）一致性是模拟合理性的旁证；若 Rg 持续上升而 RMSD 同步发散，需要警惕体系去折叠或界面解离。
各向异性分量中若某一主轴分量显著偏离其余两个，说明形变集中在特定方向（如界面撬开、域间铰链运动）。发表时建议至少报告 Rg 均值 ± 标准差（平衡段），并注明计算原子选择。
使用步骤
- 运行
gmx gyrate得到含 Rg 与分量数据集的 .xvg。 - 拖入文件；载入示例可立即看到主曲线与分量叠画效果。
- 在参数台切换图例位置、配色与字号。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
Rg 和 RMSD 判断稳定性有什么不同？
RMSD 衡量相对参考构象的位置偏差，对整体平移旋转敏感；Rg 是内部尺寸度量，与参考构象无关。RMSD 平台但 Rg 持续变化，说明结构在等尺寸前提下改变形状；两者结合才能完整描述稳定性。
gmx gyrate 输出的 a、b、c 分量是什么？
a、b、c 是回转半径张量在三个主轴方向上的分量，反映体系沿各主轴的延展程度。各向同性球状蛋白三者接近；膜蛋白、纤维状蛋白会呈现明显分量差异。
Rg 计算应该包含水或配体吗？
常规做法只选蛋白（或复合物）原子，不含溶剂。若研究配体对整体尺寸的影响，可将配体与蛋白一起选择，但需在图注中明确说明原子选择范围。
