蛋白-配体 DSSP 二级结构演化绘图工具

蛋白 - 小分子配体结合dssp

Analysis Brief二级结构时间演化热图, 评估配体结合对折叠的影响

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蛋白-配体 DSSP 二级结构演化绘图工具dssp · Protein–Ligand

蛋白-配体模拟中的 DSSP 演化图关注两点：折叠核心是否在整个模拟中保持（H/E 色带连续），以及结合环（binding loop）/盖子（lid）区域在配体存在下是否更规整。配体结合稳定化结合环、或诱导 loop→helix 转变的现象，都能在这张图上留下清晰的色块证据。

本工具接受每帧一行的字符型二级结构文件（H/G/I/E/B/T/S/P/~ 九类），渲染为残基×时间热图，PDB/GROMACS/VMD/RCSB 四种配色方案可切换。将 apo 与 holo 的两份文件分别出图并排，即成“配体对折叠稳定性影响”的对照插图。

输入格式.dat,.txt,.csv,.xvg多文件叠画单文件导出PNG 600 dpi / PDF 矢量数据隐私纯本地处理 · 零上传

折叠核心区色带若出现成片断裂，需警惕去折叠或力场问题（先对照 RMSD 是否同步上扬）。结合环区域对比 apo/holo：holo 中 S（弯曲）→ T（转角）或 ~ → H 的规整化转变，是配体诱导结构化的直接证据；反之 holo 更碎则提示结合扰动。

N 端/C 端 5–10 残基的杂色属正常末端效应，不必过度解读。DSSP 判据为骨架氢键模式，帧间单点闪断是阈值噪声，看连续 ≥1 ns 的结构性变化。

所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器，断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。

配体结合引起的二级结构变化常见吗？

整体折叠层面不常见（多数配体不改变全局折叠），但结合环/盖子区域的局部变化常见——loop 收紧、转角稳定化、短暂螺旋化等。这些局部变化恰是 DSSP 演化图最擅长呈现的。

怎么定位结合环在第几行？

热图纵轴即残基编号，按参考结构把口袋 0.5 nm 内残基号标出即可对行。若蛋白较长，可只截取口袋所在结构域区域绘制，突出重点。

DSSP 文件的行数必须等于帧数吗？

是。每帧一整行、字符数等于残基数。若做了帧抽样，行数相应减少即可，时间轴单位选 frame 时无需换算；选 ns/ps 时按抽样间隔换算。