蛋白-配体 RMSD 绘图工具
蛋白-配体 RMSD 绘图工具rmsd · Protein–Ligand
概述
蛋白-配体模拟的标准三件套 RMSD 是：复合物整体、单独蛋白（相对 apo 结构）、单独配体（相对对接构象）。三条曲线放在一起即可回答两个关键问题——配体结合是否让蛋白更稳定（复合物 vs 蛋白 RMSD 平台差），以及配体是否在口袋内保持结合姿态（配体 RMSD 低而平稳 = 滞留；阶跃上升 = 口袋内翻转或逃逸）。
本工具对多文件拖入自动一图多线：把 gmx rms 分别对 Complex / Protein / Ligand 选择组输出的三个 .xvg（或打包 .zip）一起拖入即可，颜色循环区分、图例按文件名自动标注。学术出版坐标样式与 600 dpi 导出适配论文与学位论文插图要求。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx rms 分别对 Complex / Protein / Ligand 输出 |
| 三方对比 | 三个 .xvg 一起拖入（或 .zip），自动一图三线 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
健康的结合体系通常表现为：复合物与蛋白 RMSD 在 0.1–0.3 nm 平台且几乎重合（配体扰动小），配体 RMSD 在 0.05–0.2 nm 平稳（姿态稳定）。若配体 RMSD 在某时刻阶跃，先检查配体是否发生 180° 翻转（口袋内二重姿态）、是否滑向口袋出口；这些事件值得截帧可视化讨论。
apo 蛋白与复合物蛋白两条 RMSD 对比还能反映“结合诱导稳定化/去稳定化”：复合物平台更低提示结合刚性化了蛋白。注意配体 RMSD 的参考构象应是 docked pose 而非晶体（除非有晶体复合物），并在图注中说明。
使用步骤
- 对同一轨迹分别运行
gmx rms（Complex/Protein/Ligand 三选择组）。 - 三个 .xvg 一起拖入，或打包 .zip。
- 调整配色与图例位置，预览实时重绘。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
配体 RMSD 多大算“离开口袋”？
没有绝对阈值：小分子配体 RMSD 常在 0.1–0.2 nm 内小幅涨落；超过 0.3–0.5 nm 的阶跃通常提示姿态翻转或部分脱离口袋。结合 2D 图（RMSD 分布直方图）与构象快照可视化判断最稳妥。
配体 RMSD 该用什么原子拟合并计算？
常规做法是先拟合蛋白（去掉配体平移旋转的影响），再计算配体全部重原子相对参考姿态的 RMSD——这正是 gmx rms 的两步模式（fit on Protein, calc on Ligand）。直接对配体原子拟合会把“口袋内平移”错误地归零。
为什么我的复合物 RMSD 比蛋白单独 RMSD 还低？
正常现象：配体填充口袋会刚性化界面残基，降低整体涨落。只要两者差值在 0.05 nm 量级内即可解释为结合稳定化；差值过大时检查拟合原子选择是否一致。
