密度剖面（Density Profile）绘图工具
Analysis Brief密度分布曲线: 体系沿轴向剖面或随时间演化, 支持多组分 (POPC/水/蛋白) 叠加 (gmx density)
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密度剖面（Density Profile）绘图工具density · Trajectory Dynamics
概述
密度剖面把盒子的某一方向切开，回答“什么组分分布在哪儿”：膜体系里 POPC 头基双峰、水在膜中心密度归零、蛋白嵌入位置；界面体系里水-有机相的穿透深度；配体在膜内的富集层。它是膜 MD 论文的必备图——双分子层的完整性、水渗透、小分子插入深度都写在剖面上。
本工具解析 gmx density 的多数据集输出：磷脂/水/蛋白/配体各组分密度曲线自动分色叠画，图例按数据集命名。z 轴默认盒长归一，多体系对比直观。
输入格式.xvg,.txt,.csv,.zip多文件叠画支持 (.zip 自动展开)导出PNG 600 dpi / PDF 矢量数据隐私纯本地处理 · 零上传
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx density 输出，多数据集（各组分密度） |
| 多文件叠画 | 不同体系/条件各一份 .xvg 对比 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
膜体系判读三板斧：磷脂头基磷/氮原子密度双峰间距（膜厚度 ~4 nm）；水密度从体相 1000 kg/m³ 降至膜中心的近零（完整双分子层）；胆固醇/小分子若在头部-尾部交界出现密度肩峰即定位插入深度。蛋白跨膜区密度平台与磷脂头基峰对齐即验证嵌入几何。
剖面沿 z 的对称性是平衡的旁证（半膜翻转对称）；不对称体系（混合膜、单侧配体）除外。密度是时间平均量，确保平均窗口覆盖足够的膜波动（≥50 ns 量级）再下结构结论。
使用步骤
- 运行
gmx density，分别选择磷脂/水/蛋白/配体组。 - 拖入 .xvg（多数据集自动分色）。
- 调整配色与图例；坐标标签可自定义。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
gmx density 默认沿哪个方向计算？
默认 z 轴（-d Z），盒子的法向。膜体系通常建为法向沿 z；若你的体系沿 x/y，用 -d X / -d Y 指定，否则剖面会切错方向。
膜厚怎么从密度剖面读出来？
取磷脂头基特征原子（如 P 密度）双峰的外侧半高位置间距。也可用水-脂界面（水密度降到体相一半处）定义。两种口径差 ~0.2 nm，报告时注明定义。
为什么我的剖面噪声很大？
密度是涨落很大的局部量，短平均窗口下噪声显著。增加 -nframes 平均（或延长轨迹）、加大 -sl 分格宽度（bin 从 50 提到 25 格）都能降噪；跨体系比较时 bin 数保持一致。
