蛋白-配体 SASA（溶剂可及面积）绘图工具
蛋白-配体 SASA（溶剂可及面积）绘图工具sasa · Protein–Ligand
概述
在蛋白-配体研究中，SASA 有两种经典用法：其一，对比 apo 与 holo 的总 SASA，配体结合埋藏的面积即界面几何量（典型小分子界面埋藏 1–4 nm²，即 100–400 Ų）；其二，单独追踪口袋区域的 SASA 起伏——口袋张口越大暴露面积越大，SASA 的时间序列因而成为“口袋呼吸”行为的间接读数。
本工具解析 gmx sasa 输出（可对整体、蛋白、口袋残基组分别导出多份 .xvg 叠画）。apo/holo、野生型/突变体的口袋 SASA 曲线对比，能直观呈现结合对口袋可及性的抑制。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx sasa：整体或指定残基组（口袋） |
| 分组叠画 | apo 与 holo、口袋组与整体组各一份 .xvg |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
看总 SASA：holo 曲线应系统性低于 apo（配体埋藏了口袋表面），差值量级即结合界面面积。看口袋组 SASA：apo 中呈宽幅起伏（呼吸运动），holo 中被压平——起伏幅度骤减是配体“塞住”口袋的直接几何证据。
SASA 对远端构象变化也敏感（如结构域开合），跨区域比较时可同时绘整体与口袋两条曲线以定位变化来源。探针半径默认 0.14 nm，换算 Ų ×100。
使用步骤
- 对 apo 与 holo 分别运行
gmx sasa（整体 + 口袋残基组）。 - 多份 .xvg 一起拖入叠画。
- 调整配色与图例。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
配体结合埋藏的 SASA 怎么估算？
ΔSASA = SASA(apo 蛋白) + SASA(配体孤立态) − SASA(复合物)。孤立配体 SASA 可用小体积单独计算（或取文献近似）；量级通常 1–4 nm²。
口袋 SASA 怎么定义残基组？
以参考结构中距配体 0.5 nm 的残基为准（gmx select 或索引文件），沿轨迹固定该集合统计。集合定义要在 apo/holo 间保持一致，比较才有意义。
SASA 曲线和口袋体积是一回事吗？
不是。SASA 是表面积度量，对浅口袋变化敏感；口袋体积（POVME、fpocket 等）度量内腔容积。两者相关但不等价，SASA 更易随轨迹快速输出，适合做趋势监测。
