蛋白-蛋白残基能量分解（Decomposition）绘图工具
蛋白-蛋白残基能量分解（Decomposition）绘图工具decomp · Protein–Protein
概述
残基能量分解（per-residue energy decomposition）把 MM-PBSA 结合自由能拆分到界面上的每一个残基：对 gmx_MMPBSA 输出的 TDC（Total Decomposition Contribution）帧表逐帧取值后按残基平均，即得每个残基对结合的贡献柱。深负柱即能量热点（hotspot）——突变这些残基对亲和力影响最大，是理性设计突变与解释结合机理的落点。
本工具专门解析 FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat 中的 TDC 帧表（全量帧逐残基记录），自动完成“逐帧 → 残基均值”聚合，并按链分色成柱。与只给总数的结合能分量图不同，分解图回答的是“到底是哪几个残基在起作用”。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| gmx_MMPBSA 分解输出 | FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat（TDC 帧表，含残基编号与逐帧能量） |
| 兼容格式 | .dat / .txt / .csv |
| 聚合方式 | TDC 帧表自动逐残基平均，无需手工预处理 |
结果解读
柱高绝对值排序即热点排名：界面热点残基 TDC 常在 −2 ~ −8 kJ/mol 量级，|TDC| 超过 −5 kJ/mol 的残基通常会被 Ala 突变显著削弱结合（可与本站丙氨酸扫描工具衔接验证）。正柱（不利结合）多来自去溶剂化未获补偿的极性残基，个别正柱是正常的，成片正值则提示结合模式可疑。
把分解图与接触频率矩阵并排读：高频接触 + 深负柱 = 几何与能量双重热点；高频接触但贡献平平 = 界面旁观者；低频接触深负柱需检查是否为间接（经变构/水介导）贡献。发表时建议报告每残基 TDC 的帧均值与标准差。
使用步骤
- gmx_MMPBSA 计算 decomposition（-decompcomp 等），得到
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat。 - 把 dat 拖入投递区；TDC 帧表自动聚合。
- 调整柱宽、配色（按链分色）与图例。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
TDC、SDC、CDC、BDC 有什么区别？
gmx_MMPBSA 的分解输出有四种口径：TDC=总分解贡献（Total，侧链+骨架），SDC=侧链贡献，CDC=骨架贡献，BDC=回旋（Backbone，CDC 同义旧称）。热点分析惯例用 TDC；研究侧链化学时看 SDC。本工具聚合 TDC 帧表。
逐残基能量的单位是什么？
kJ/mol（gmx_MMPBSA 默认）。若需要 kcal/mol，乘以 0.239 换算；与 AMBER MMPBSA.py 输出（默认 kcal/mol）比较时注意单位。
为什么分解图比结合能总量图更适合找热点？
总量图给出的是整体 ΔG 及其物理分量；分解图把能量定位到残基坐标上。热点残基识别、突变效应预测、界面改造设计都发生在残基粒度——这也是 Alanine Scanning 实验的计算对应物。
